长期以来，国企改革与发展呈现出明显的非均衡性。具体说来，就是国企进行战略性改组、建立现代企业制度、进行公司化改造，所涉猎的行业主要围绕竞争性行业，而对自然垄断行业中的国有企业改革则明显重视不够，政府依然沿用传统的依靠建立国有企业、直接垄断经营的控制办法进行规管，导致我国具有自然垄断特点的基础设施等行业整体运营效率低下，服务质量较差。这与我国推进国企改革与发展的整体目标相背离，因此，必须加快对自然垄断型企业的改革和发展。
更新对自然垄断治理的认识。基础设施等行业一般具有较强的自然垄断性质，为了充分利用其规模经济效应，克服自然垄断的固有弊端，一般需要政府对此进行干预。通行的做法主要有：建立国有企业，政府进行垄断经营；非国有经济负责经营，政府进行规制；放松规制等等。其中，政府进行规制也有许多类型，如公正报酬率规制、最高限价规制等。同时针对传统规制的低效率，经济学家还提出了激励性规制建议。由此可见，建立国有企业进行垄断经营只是治理自然垄断部门的方式之一。我们应该拓展基础设施行业的治理思路，改变国有企业广布于自然垄断行业是治理自然垄断弊端唯一做法的传统认识。国有企业一般被设想为具有最大化福利的潜力，但现代规制经济学已经证明，事实并非总是如此。从比较制度评价的角度分析，国有企业垄断经营在传统效率指标如配置效率、X－效率、动态效率上表现不甚满意，绩效较差，相反，现代规制特别是激励性规制的绩效较好。这是自然垄断型企业改革的理论基础。
分割大一统的自然垄断型企业模式。现代自然垄断理论认为，自然垄断行业是就总体而言。对于特定的行业来说，既包括自然垄断性业务，如固定网络部分的建设与管理，又包括大量非自然垄断性业务。我国传统的自然垄断型企业采取的是大一统的模式，即一个企业既经营自然垄断性业务，同时又经营非自然垄断性业务。如电力局既经营电网，又负责发电、供电等业务。为更多地引入竞争机制，提高自然垄断行业的运营效率，推进自然垄断型企业的改革首先需要分割大一统的企业模式，在非自然垄断性业务引入竞争机制，在自然垄断性业务加强激励性规制。不同行业的分割做法可以有所不同。对于电力行业，就是实现发电与输、配电环节分离，即厂网分离，竞价上网；铁路行业应实现铁路基础设施与客货运营分离、客货重组为若干竞争关系的独立实体，即上下分离，上部重组的分割模式。当然，自然垄断性业务与非自然垄断性业务的分割还依赖于一些条件和技术，比如网络开放运营的管理技术和方法，必须根据技术发展和管理水平的提高来稳步推进分割进程。
进一步推进股份制改造。在对自然垄断行业进行分割的同时，应进一步扩大股份制改造的规模，加大产权制度改革的力度。对于非自然垄断性业务，应逐步降低甚至取消行业进入门槛，大力引入民间资本和国外资本，实现竞争主体多元化。如果引入竞争只限于培育少数国有企业，则竞争机制就难以真正形成，即使形成所谓的竞争，企业也会缺乏持久的活力。股份制改造是引入民间资本和国外资本的有效途径，并且进行股份制改革不单单是解决资金问题，而且还有助于建立基础设施领域投资风险的约束机制，形成所有者与经营者之间相互制衡、激励与监督有效结合的治理机制。值得强调的是，对于自然垄断性业务，不一定要求国有独资公司来经营，也可采取股份制企业特许投标争取垄断经营权或委托经营、承包经营等方式。
重建自然垄断型企业的规制机制。随着竞争的加剧，规制任务也就变得更为复杂。一方面在自然垄断性业务领域，仍需加强规制；另一方面，竞争机制的建立是一个渐进的过程，目前的竞争基本局限于有限竞争，国家对非自然垄断性业务仍要保持一定的规制。比如在电力行业的发电环节，由于发电厂产权性质、资源状况、经营方式的不同，无法实现全价竞价上网，形成规范的电力市场。规制必然引出规制机构的组建问题。这某一行业的牵涉到现有政府机构的改革和调整，必须改变政府既是规制政策的制定者与监督执行者，又是具体业务的实际经营者的状况。如果既是某一行业的主管部门，又是整个行业的规制部门，就不可能公正地行使其职能。应尽快组建独立公正的规制机构，可在招聘原有行业管理部门部分懂技术、善管理的人员基础上，吸纳社会相关领域的专家组成。规制机构应当具有实施价格规制、市场准入规制、运行规程规制等权力。同时需要制定相应的规制法律，用法律制度来确定规制机构的法律地位和法定权力，监督规制者公正执法，明确被规制企业的权责利关系，并对有关价格、服务质量、市场准入条件等政策作出规定。
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